Simulation of Packing and Ejection of a Semiflexible Viral Polymer in a Crowded Environment Inside a Bacterial Cell
| العنوان بلغة أخرى: |
محاكاة دخول وخروج لبوليمر فيروسي شبه مرن في بيئة مزدحمة داخل خلية بكتيرية |
|---|---|
| المؤلف الرئيسي: | النعمانية، ندى بنت احمد بن حمدون (مؤلف) |
| مؤلفين آخرين: | Ali, Issam (Advisor) , Sulaiman, Nidhal A. (Advisor) , Radi, Amr (Advisor) |
| التاريخ الميلادي: |
2019
|
| موقع: | مسقط |
| الصفحات: | 1 - 120 |
| رقم MD: | 1190654 |
| نوع المحتوى: | رسائل جامعية |
| اللغة: | الإنجليزية |
| الدرجة العلمية: | رسالة دكتوراه |
| الجامعة: | جامعة السلطان قابوس |
| الكلية: | كلية العلوم |
| الدولة: | عمان |
| قواعد المعلومات: | Dissertations |
| مواضيع: | |
| رابط المحتوى: |
عدد مرات التحميل
11
| المستخلص: |
نحن نستخدم محاكاة ديناميكيات لانحيفين ذات الحبيبات الكبيرة لدراسة دخول وخروج البوليمرات شبه المرنة من وإلى الكبسولة الكروية داخل خلية مزدحمة الهدف من ذلك هو إيجاد تأثير البيئة المزدحمة على عملية إدخال البوليمر وإخراجه كدالة لنوع الجسيمات الموجودة وقوى التنافر والتجاذب مع البوليمر، وندرس أيضا تأثير ذيل الكبسولة داخل هذه البيئة على عملية الإدخال، حيث تؤثر البيئة المزدحمة بالبروتينات والحمض النووي البكتيري والاملاح داخل الخلية البكتيرية (E. coli) على عملية إدخال الحمض النووي للفيروس λ، ترتبط شروط الإدخال والإخراج هذه، على سبيل المثال، بتغليف الحمض النووي λ داخل الخلايا البكتيرية (E. coli)، حيث البيئة مزدحمة بسبب وجود البروتينات والحمض النووي البكتيري والأملاح. نحن نستخدم البوليمرات المتعادلة والمشحونة، ونقارن معدلات الإدخال، والإخراج بينهما. بالنسبة لتعبئة بوليمر متعادل في كبسولة متصلة بذيل، فإن قوى التجاذب مع جزيئات البروتينات تجعل عملية الإدخال أصعب قليلا وخصوصا مع الأعلى كثافة، ويصبح الأمر أكثر صعوبة عندما ندرج بوليمر أخر كجزء من جسيمات الازدحام مع ثبات كثافة الازدحام الكلية، وفي المقابل فإن قوى التنافر بين البوليمر وجزيئات الازدحام تجعل الإدخال أسهل. وتشير نتائجنا لوجود وقت انتظار متغير قبل عملية الإدخال للبوليمر مخالفا لتجارب عمليات الإدخال في بيئة غير بكتيرية (in vitro)، ووجدنا أيضا أنه خارج البيئة البكتيرية عملية إدخال البوليمر إلى كبسولة بدون ذيل أبطأ من إدخاله إلى كبسولة بذيل، ولكن يحدث العكس في البيئة البكتيرية الأعلى كثافة. وجدنا أيضا أن التفاعلات الكهربائية في الظروف الفسيولوجية ليس لها تأثير كبير على عملية الإدخال للبوليمر. لوحظ أن بعض الخلايا البكتيرية، مثل ان Pseudomonas chlororaphi، تشكل بنية شبيبة بالنواة تغلف الحمض النووي لفيروس 201∅2 − 1، ندرس هنا أيضا ديناميكيات الإدخال مع وجود النواة. نجد الإدخال أسرع بالمقارنة مع حالة الإدخال الخالية من النواة. نلاحظ أيضا تشكيل عقدة ولكن هذه العقدة تنحل بسرعة أثناء انتقال البوليمر. تكون هذه العقدة ليس مرتبطا بكثافة البروتينات أو الشحنات الكهربائية. أما بالنسبة لعملية إخراج البوليمر فإن نتائجنا تظهر أنه كلما زادت كثافة الخلية البكتيرية زاد وقت الإخراج بسبب فقدان لحالة الانتظام وزيادة لعدد الجسيمات المتنافرة، وعند مقارنة قوة التجاذب والتنافر بين جسيمات الازدحام والبوليمر وجدنا أن تأثير قوى التجاذب يسرع من اتمام العملية وذلك بسبب جذب الجسيمات للبوليمر من الكبسولة لداخل الخلية، لمقارنة النتائج التي توصلنا إليها مع التجربة الوحيدة داخل الخلية البكتيرية المعمولة عام ٢٠١٢ م، نرسم سرعة الطرد مقابل طول الحمض النووي داخل الكبسولة، ومقابل طول الحمض النووي الذي يتم إخراجه من الكبسولة لبوليمريين فرق الطول بينهما ٢٧% كما حدث في التجربة، لقد وجدنا أن سرعة إخراج البوليمر الأطول أكبر، وهو ما يتفق مع البيانات التجريبة لكننا لم نجد أي تداخل بين المنحنيين. |
|---|
عناصر مشابهة
-
Analyse de la Dynamique des Charges Électriques Générées Pendant le Tribochargement
بواسطة: Kechekache, Nour Elyakine منشور: (2019) -
Simulations of Packing and Ejection Dynamics of Viral DNA in Vitro and in Vivo
بواسطة: Al Lawati, Afaf Ali Juma منشور: (2014) -
Nanoparticle-Membrane Interactions: A Systematic Study of the Electric Charge Contribution to the Wrapping Process
بواسطة: Othman, Sameh منشور: (2020) -
Synthesis and Solvent Dependent Fluorescence of 4-Amino Naphthalene1-Sulfonic Acid "AmNS" - Alginate "ALG" Bacterial Polymer
بواسطة: Eltaboni, Fateh منشور: (2022) -
Dna Aptamers Targeting the Cancer Stem Cell Marker EpCAM
بواسطة: ازمرلى، هبه نبيل محمد صالح منشور: (2015)
