A Molecular Dynamics Simulation Study of the Structural Features and Inclusion Capacity of Cucurbit[6]uril Derivatives in Aqueous Solutions
| العنوان بلغة أخرى: |
دراسة المحاكاة الجزيئية للميزات البنائية وقدرتها الضمنية لمشتقات الكوكوربيتوريل في المحاليل المائية |
|---|---|
| المؤلف الرئيسي: | Haj Ibrahim, Feryal Jawdat Abd Allah (Author) |
| مؤلفين آخرين: | Abd Alhalim, Hamzeh Mohammad (Advisor) , البرغوثي، موسى إبراهيم (Advisor) |
| التاريخ الميلادي: |
2010
|
| موقع: | الزرقاء |
| الصفحات: | 1 - 67 |
| رقم MD: | 747943 |
| نوع المحتوى: | رسائل جامعية |
| اللغة: | الإنجليزية |
| الدرجة العلمية: | رسالة ماجستير |
| الجامعة: | الجامعة الهاشمية |
| الكلية: | عمادة البحث العلمي والدراسات العليا |
| الدولة: | الاردن |
| قواعد المعلومات: | Dissertations |
| مواضيع: | |
| رابط المحتوى: |
| المستخلص: |
استخدمت المحاكاة الديناميكية الجزيئية لمشتقات CB[6] المستبدلة بالكامل و جزيئيا بالميثيل و السايكلو هكسيل في المحاليل المائية للحصول على معلومات تفصيلية عن الميزات الديناميكية و الهيكلية لل CB[6] المستبدل نسبة الى المضيف الغير مستبدل. علاوة على ذلك، المحاكاة الديناميكية الجزيئية استخدمت لدراسة تشكيل المعقد المتداخل بين كل من مشتقات CB[6] مع ۱،٥- ثنائي الامونيوم بنتان (NH3+(CH2)5NH3+) لتخمين الطاقة الحرة، الشكل الفراغي للمعقد و قوى الترابط المسؤولة عن تكوين المعقد. أظهرت النتائج دخول كامل لجزيئة الضيف في تجويف المضيف لكل المعقدات. النتائج التي حصل عليها من المسافة بين مركز كتل جزيئات الضيف و المضيف يشير بأن ديناميكا الضيف داخل تجويف المضيف المستبدل مشابه لذلك المضيف الغير مستبدل. هذا يبين بأن التمييز الجزيئي للمضيف لم يؤثر عليه من قبل بديل الألكيل. علاوة على ذلك، تساهم الروابط الهيدروجينية بشكل ملحوظ الى التفاعلات بين المضيف و الضيف. أيضا، هناك تغيير غير هام في تركيب الماكروحلقي على دخول الضيف. استخدمت طريقة بويزن بولتزمان / المساحة السطحية المعتمدة على الميكانيكا الجزيئية لتخمين الطاقة الحرة لكل معقد. تشير النتائج بأن تفاعلات المضيف-الضيف الكهروستاتيكية لها المساهمة الأكبر الى الطاقة الحرة للمعقد. أيضا، تضيف تفاعلات فان دير فالز بشكل ملحوظ الى استقرار المعقد. جزيئات الضيف تظهر تقريبا طاقات حرة مماثلة مع CB المستبدل الذي يظهر قيم سلبية أكثر بقليل من CB[6]. علاوة على ذلك، تم دراسة تشكيل المعقد المتداخل بين NS-CB[10] مع أدامانتيل-۱-أمين في الماء باستخدام تقنية المحاكاة الديناميكية الجزيئية. حللت المسارات لدراسة مرونة NS-CB[10] في غياب و حضور جزيئية الضيف، و للحصول على معلومات حول ديناميكا الضيف داخل تجويف NS-CB[10]. أظهرت النتائج أن دخول ضيف واحد الى أحدى تجويفين NS-CB[10] يحدث تغيير شكلي في التجويف الفارغ المجاور. تكشف اللقطات الفوتوغرافية المستخرجة بأن الشكل المركزي لل ۱:۱ معقد يتحول الى الشكل العلوي أثناء المحاكاة. هذه الملاحظة لم توجد لل ۱:۲ معقدات بسبب إعاقة جزيئة الضيف الأخرى. ترتيب الطاقات الحرة التي حصل عليها تبين بأن المعقد المركزي- المركزي > العلوي- المركزي >> العلوي- العلوي. |
|---|
عناصر مشابهة
-
Molecular Dynamics Simulation of Cucurbiturils and their Inclusion Complexes in Aqueous Solutions
بواسطة: Assaf, Khaleel Ibrahim منشور: (2009) -
Molecular Recognition of Amino Acids and Peptides by Cucurbit[8]uril: A Molecular Dynamics Study
بواسطة: أبو حسن، أسامة مشهور أحمد منشور: (2022) -
Convergence of Conformational Sampling for Bpt1 in a 30ns Molecular Dynamics Simulation
بواسطة: Al Hausani, Waseem Ahmad Mohmmad منشور: (2007) -
Host-Guest Supramolecular Interactions of Amines with B-Cyclodextrin, 18-Crown-6 and Cucurbit [7] Uril: Experimental and Molecular Modeling Study
بواسطة: البرطمانية، سعاد بنت خميس بن سالم منشور: (2017) -
Study of the Inclusion Complexes of some Imidazolines with B-Cyclodextrin in Aqueous Solutions
بواسطة: Dawoud, Abd Alilah Abd Alqader منشور: (2000)
