Prediction of Protein 3D Structure from Contact Map
| العنوان بلغة أخرى: |
توقع الشكل الثلاثي للبروتین من خریطة الاتصال |
|---|---|
| المؤلف الرئيسي: | Al Qllab, Nawal T. (Author) |
| مؤلفين آخرين: | Al Nihoud, Jehad Q. (Advisor) , الفواعرة، حامد جاسم (Advisor) |
| التاريخ الميلادي: |
2009
|
| موقع: | المفرق |
| الصفحات: | 1 - 75 |
| رقم MD: | 819126 |
| نوع المحتوى: | رسائل جامعية |
| اللغة: | الإنجليزية |
| الدرجة العلمية: | رسالة ماجستير |
| الجامعة: | جامعة آل البيت |
| الكلية: | كلية الأمير الحسين بن عبد الله لتكنولوجيا المعلومات |
| الدولة: | الاردن |
| قواعد المعلومات: | Dissertations |
| مواضيع: | |
| رابط المحتوى: |
عدد مرات التحميل
27
| المستخلص: |
يعتبر علم Bioinformatics)) من العلوم الحديثة التي أثارت إهتمام كل من علماء الحاسوب وعلماءالاحياء. حيث أن القدره على توقع شكل البروتين الثلاثي من سلسلة الأحماض ألأمينيه المكونه لهذا البروتين يعتبر ثورة علميه في هذا المجال. يعد تركيب اي بروتين مؤشرا قويا على الوظيفة التي يقوم بها هذه هي القاعده الأساسيه في كل العلوم التي تختص بدراسة البروتينات. حيث يمكن تمثيل الشكل الثلاثي للبروتين من خلال خارطة الاتصال والتي تعرف بمصفوفه ثنائيه تبين أماكن الاتصال بين الأحماض الامينيه في البروتين والتي تحدد من خلال مسافة معينة بين الاحماض داخل البروتين, يعتبر اي حمضين متصلين إذا كانت المسافه بينهما أقل او تساوي المسافه المحدده مسبقا (Threshold ) وإلا فإن الحمضين غير متصلين. ونظرا لأهمية هذا الموضوع وصعوبته تم تقديم الكثير من الابحاث المختلفه في هذا المجال والتي تحلل وتستخرج قواعد تفيد في توقع الشكل الثلاثي للبروتين من خلال خارطة الاتصال. من هذا المنطلق تم التركيز في هذه الاطروحة على البروتينات وتوقع الشكل الثلاثي لها باستخدام برنامج(MATLAB). إن الطرق التقليدية التي كانت تستخدم في تحديد شكل البروتين تستغرق وقتاً طويلا لإكتشاف شكل البروتين الواحد وتحتاج الى أموال باهظة كما أنها تفتقر الى القدره على اكتشاف شكل العديد من البروتينات , لذلك أصبح البحث عن طرق جديدة امرا مهما. تركز خطة عمل هذة الاطروحة على تطوير خوارزمية تستخدام خارطة الإتصال بمسافات مختلفة للتحكم بنقاط الإتصال للوصول الى مجموعة الاحداثيات الثلاثية الأفضل لرسم الشكل الثلاثي للبروتين بأسهل الطرق واسرعها , حيث وُجد ان خرائط الاتصال التي تم حسابها اعتمادا على مسافات (Threshold ) تتراوح بين 12 الى 18 اعطت رسما ادق من تلك المسافات (Threshold ) التي تترواح بين 7 الى 9 . لقد أظهرت النتائج التجريبيه التي تم تطبيقها على بروتينات بانواع مختلفة أن الوقت المستغرق في تنفيذ الخوارزميه المقترحه قليل جدا وأنه يتأثر بطول البروتين المستخدم. وكما اثبتت النتائج كفاءة هذه الخوارزميه المقترحه في توقع الاشكال الثلاثية الابعاد للبروتينات. |
|---|
عناصر مشابهة
-
In Silico Structural Analysis of the Cell Division Protein, FtsZ: Screening Natural Products for Inhibitors
بواسطة: Al-Khayyat, Mohammed Zaghlool منشور: (2019) -
Tandem Affinity Purification of McrBC complex and mapping inactive mutations in mcrC using Error-Prone PCR
بواسطة: Al Hamal, Heba Saleh منشور: (2012) -
Investigation of SbpA S-layer protein using neutron reflectometry
بواسطة: Al Otaibi, Faisal منشور: (2013) -
Investigating Protein Motions : Evidence for Small Scale Compensating Motions in Native Proteins from the Analysis of Small Hydrogen Bonded Loop Motifs
بواسطة: Al Shubaily, Fawzia Abd Alaziz منشور: (2010) -
IN VITRO AND IN VIVO EFFECTS OF PARATHYROID HORMONE AND HUMAN CANCER ASCITES FLUID BONE RESORBING PROTEIN
بواسطة: Al Amoudi, Najlaa Mohamed منشور: (1984)
