Using Molecular Modeling to Identify Zinc Finger Protein-DNA Recognition Patterns: A Study of Four Finger Proteins and Dimer Binding to DNA
| العنوان بلغة أخرى: |
استخدام التمثيل الجزيئي لتحديد أنماط تعرف بروتين أصبع الزنك على الحمض النووي: دراسة ارتباط أربعة أنماط من بروتين أصبع الزنك والبروتين الثنائي مع الحمض النووي |
|---|---|
| المؤلف الرئيسي: | Siam, Reema Mazen (Author) |
| مؤلفين آخرين: | Hamed, Mazen Y. (Advisor) |
| التاريخ الميلادي: |
2017
|
| موقع: | بيرزيت |
| الصفحات: | 1 - 131 |
| رقم MD: | 865136 |
| نوع المحتوى: | رسائل جامعية |
| اللغة: | الإنجليزية |
| الدرجة العلمية: | رسالة ماجستير |
| الجامعة: | جامعة بيرزيت |
| الكلية: | كلية الدراسات العليا |
| الدولة: | فلسطين |
| قواعد المعلومات: | Dissertations |
| مواضيع: | |
| رابط المحتوى: |
عدد مرات التحميل
6
| المستخلص: |
عملية ارتباط بروتينات أصبع الزنك مع الحمض النووي تعد من العمليات الهامة لتنظيم العديد من العمليات البيولوجية. في هذه الدراسة، تم استخدام حسابات التمثيل الجزيئي لحساب طاقة الربط لأربعة أنماط من أصبع الزنك والبروتين الثنائي للحصول على المركبات في حالة الاتزان ولاستخراج الروابط المهمة التي تحدد الخصوصية لبروتينات أصبع الزنك المرتبطة مع الحمض النووي. علاوة على ذلك، طاقة الربط لبروتينات أصبع الزنك مع الحمض النووي تم حسابها باستخدام طريقة (Molecular Mechanics Poission Boltzman (Generalized born) Surface Area) على وجه الخصوص، بروتين أصبع الزنك المتعدد (PRDM9A, PDB ID:5EGB) ومتغيراته (L9/24, L13, L20 bind CA, and L20 bind CG) قيم طاقة الربط الناتجة هي (-29.48, -31.92, -27.83, -22.44, and -9.97 kcal/mol) بينما قيم طاقة الربط للبروتينات الثنائية PPR1 (PDB ID: 1PYI) and PUT3 (PDB ID: 1ZME) مع الحمض النووي هي (-7.35, -15.79 kcal/mol) أظهرت طاقات الربط المذكورة ارتباطا ضعيفا مع الطاقات التي تم الحصول عليها تجريبياR = 0.69) ل MM/PBSA و R = 0.59 ل (MM/GBSA. |
|---|
عناصر مشابهة
-
Using Molecular Modeling to Identify Zinc Finger Protein-DNA Recognition Patterns: Energy Perspective on The Effect of Finger Linkers on Binding
بواسطة: Zaid, Roza H. منشور: (2014) -
New fast algorithm to detect and lozalize Zinc finger protein sequence
بواسطة: Al Howari, Omar Ali منشور: (2010) -
Evaluation Of Rapid Methods For Direct Extraction Of Bacterial DNA From Clinical Swabs For Use in Pcr
بواسطة: Bueid, Ahmed منشور: (2007) -
Developing Technology for Flexible Molecular Combing of the DNA
بواسطة: Baghdadi, Ehab Ahmad Z. منشور: (2000) -
Biochemical Studies on The Effect of Zinc and Copper on the Protein and Carbohydrates Metabolism of Wheat
بواسطة: Sharaf, Abd Alaziz Lotfy Hassan منشور: (1980)
