Kinase Inhibitors as Potential Drugs : A Molecular Dynamics Simulation Study
| المؤلف الرئيسي: | Hammad, Iman (Author) |
|---|---|
| مؤلفين آخرين: | Hamed, Mazen Y. (Advisor) |
| التاريخ الميلادي: |
2017
|
| موقع: | بيرزيت |
| الصفحات: | 1 - 137 |
| رقم MD: | 865153 |
| نوع المحتوى: | رسائل جامعية |
| اللغة: | الإنجليزية |
| الدرجة العلمية: | رسالة ماجستير |
| الجامعة: | جامعة بيرزيت |
| الكلية: | كلية الدراسات العليا |
| الدولة: | فلسطين |
| قواعد المعلومات: | Dissertations |
| مواضيع: | |
| رابط المحتوى: |
عدد مرات التحميل
9
| المستخلص: |
في هذه الدراسة قمنا باستخدام التمثيل الجزيئي من أجل حساب قيم طاقة الربط لخمس مثبطات لإنزيم الكاينيز PDK 1-باستخدام الطريقتين (Molecular Mechanics/ Generlized-Born surface area) (Molecular Mechanics/ Poisson Boltzmann surface area). وتم حساب قيم مساهمة الفوضى T.ΔS باستخدام طريقة (Nmode) وتم حساب التغير في الطاقة HΔ باستخدام هذه المعادلة ΔG = ΔH – T.ΔS. هناك فرق ملحوظ في قيم التغير في طاقة الربط اعتمادا على طريقة الحساب سواء باستخدام (MM-PBSA or MM-GBSA) بحيث كانت نتائجMM-GBSA أفضل من نتائج MM-PBSA وهذا يرجع إلى الاختلاف في طريقة الحساب التي يتم اعتمداها من قبل MM-PBSA and MM-GBSA. كذلك وضحت نتائج هذه الدراسة كيفية ارتباط هذه المثبطات بإنزيم الكاينيز PDK-1والتي يمكن استخدامها لعلاج السرطان، بحيث أن موقع جزيئات الماء كانت موجودة في مواقع الربط ويمكن استخدام هذه النتائج في تصميم مثبطات أفضل من خلال إضافة ذرات مثل الأوكسجين والهيدروجين للمثبط لكي يكون قادرا على تكوين روابط هيدروجينية لكي يحل مكان جزيئات الماء التي كانت موجودة في مواقع الربط من خلال الاستناد على مبدأ تكوين مثبطات جديدة محاكية لجزيئات الماء. من خلال محاكاة الديناميات الجزيئية قمنا بتحديد مثبط (المركب 5) والذي يرتبط بشكل فريد بأنزيم الكاينيز PDK-1 لتكوين كاينيز غير نشيط على نقيض المركبات الأخرى (4-1) والتي يتم اعتبارها مثبطات كاينيز كلاسيكية منافسة ل.ATP ومن الجدير بالذكر أن المثبط (المركب 5) هو دواء فعال وذلك بسبب قيمة طاقة الربط الكبيرة ΔG = -52.3 Kcal/mol، هذه القيمة الكبيرة ناتجة من تكوين خمس روابط هيدروجينية قوية بين هذا المثبط وأنزيم الكاينيز PDK-1. وفقا لما ذكرته التقارير فإن النوع الأول من مثبطات الكاينيز (مثبطات كلاسيكية منافسة لATP) تتميز عن النوع الثاني من المثبطات من خلال تشكيل شبكات من الروابط الهيدروجينية بواسطة جزيئين من الماء وهذا يتوافق مع نتائج هذه الدراسة بحيث أنه تم ملاحظة هذه الميزة في المثبطات (المركب4) و(المركب 3). |
|---|
عناصر مشابهة
-
Pharmacophore Modeling of Aurora Kinase C Using Homology Modeling, Docking and Molecular Dynamic Simulation Followed by Experimental Validation to Attempt Identifying Selective Aurora C Inhibitors
بواسطة: القيسي، هبة مازن منشور: (2020) -
Molecular Characterization of Multi Drug Resistant Mycobacterium Tuberculosis
بواسطة: Samara, Hala Adnan منشور: (2009) -
Using Molecular Modeling to Identify Zinc Finger Protein-DNA Recognition Patterns: A Study of Four Finger Proteins and Dimer Binding to DNA
بواسطة: Siam, Reema Mazen منشور: (2017) -
Characterization of Novel Aptamer Inhibitors Of The Abl Tyrosine Kinase
بواسطة: الحمصي، آيات عبدالناصر مصطفى منشور: (2016) -
Morphological and Molecular Studies on some Species of Tetramesa (Hymenoptera : Eurytomidae) with A Key to the Genus Tetramesa and its Parasitoids
بواسطة: Al Barrak, Mohammad Saleh منشور: (2001)
