| المستخلص: |
خمسة وسبعون عينة من بكتريا حمض اللاكتك وتسعة عشر عينة من الخميرة تم عزلها من عجين الكسرة المخمر، وتم وصفها حتى مرحلة السلالة بواسطة استخدام التقنية الجزيئية. تم الاستنساخ العشوائي من الحمض الأميني الرايبوزي للبكتريا واستنساخ منطقة 18 S- 28Sمن الحمض الأميني الرايبوزي للخميرة بواسطة تقنية تفاعل البولميرات المتسلسل حيث قسمت البكتريا الي تسعة مجموعات بينما الخمائر الي مجموعتين. اخذت عينة ممثلة من كل مجموعة من الحمض النووي منزوع الهيدروجين DNA وارسلت لفحص تتابع القواعد النتروجينية الموجودة به ومن ثم مطابقتها مع تلك الموجودة في بنك الجينات بواسطة استخدام البرنامج الكمبيوتري على شبكة الإنترنت بلاست أداة بحث المواءمة المحلية (BLAST) أوضحت نتيجة تطابق النووي DNAأن عزلات المجموعة الأولى للبكتريا تطابقت بنسبة 100% مع الحمض النووي لبكتريا Pediococcus acidilactici الثانية L. murinusالثالثة والخامسة والسادسة L. plantarum الرابعة والسابعة L. casei الثامنة L.fermentum والتاسعة Lactococcus lactis بينما عزلات مجموعتي الخميرة 1Yو3Y تطابقت بنسبة 100% مع الحمض النووي لخميرة Saccharomyces cerevisiae بينما عزلات المجموعة1C و5C تطابقت بنسبة 100% مع الحمض النووي للكانديدا Candida xylopsoci استخدم البرنامج MEGA 6.0 لإنشاء شجرة النسب الجينية للعينات. من الملاحظ أن نوع الكانديدا Candida xylopsoci أول مرة يتم تسجيله في الأغذية المخمرة السودانية.
A total of 75 lactic acid bacteria (LAB) and 19 of yeast isolates have been recovered from fermented kissra dough and characterized at strain level with molecular tools. RAPD analysis was performed initially to cluster the isolates using two different primers R2 and M13. Species identification was based on sequence analysis of 16S rRNA gene. Nine cluster of LAB PCR Products sequenced and subjected to nucleotide BLAST. 4% (Three isolates), (Group1L) showed 100% homology towards Pediococcus acidilactici, and 6.7% (Five isolates), (Group 9L) showed 100% homology towards Lactococcus lactis subsp. lactis strain SFL. Among the rest of the 67 lactobacillus isolates, 1.6% (One isolate), (Group 2L) showed 100% homology towards L. murinus, also same percentage 1.6% (Group 4L) reported as L. casei strain IMAU 70007. 2.9% (Two isolates), (Group 5L) showed 100 homology towards L. plantarum strain KLAB4. The same percentage 2.9% (Group 8L) were showed similarity 100% towards L. fermentum. 5.9% (Four isolates), (Group 7L) showed 100 homology t wards L. casei strain SWU 30436. , 20.9% (14 isolates), (Group 3L) were showed similarity 100% towards L. plantarum strain 1.0557 CGMCC, while the majority of the isolates 64.2% (43 isolates), (Group 6L) showed 100 homology t wards L. plantarum strain CSI7. Phylogenetic analysis was performed using software MEGA 6.0. For yeast the 18S-28S ITS region was amplified using the fluorescein labelled CY5-Y-ITS1 forward primer and YITS4 reverse primer. By the ITS-PCR profiles, the isolates were divided into two groups of yeasts. The blast sequence query showed that members of groups 1Y and 3Y identity (100%) with the genomic DNA sequence of Saccharomyces cerevisiae, while Group 1C and 5C identity (100%) with the genomic DNA sequence of Candida xylopsoci.
|
